保険者協議会は、平成16年8月に施行された「国民健康保険法に基づく保健事業の実施等に関する指針」及び「健康保険法に基づく保健事業の実施等に関する指針」において医療保険者が連携・協力して地域の特性に応じた健康づくりを行うという趣旨により都道府県ごとの設置が示されたことを受け、東京都では平成17年10月に東京都保険者協議会を設置した。
　平成27年4月1日以降、保険者協議会が法定化されるとともに、都道府県が医療計画を策定又は変更する際は、保険者協議会の意見を聴かなければならないこととされた。
　また、平成28年4月1日以降、都道府県が医療費適正化計画を策定又は変更する際は、保険者協議会に協議しなければならないこと等が規定された。
　平成30年度からは、都道府県が国民健康保険の保険者となり、保険者協議会において都道府県が中核的な役割を発揮しつつ、これを活用し、保険者としての取組や住民の健康増進や医療費適正化等の行政主体としての取組を的確に実施していく必要があるとされた。
　さらに令和6年4月1日以降、保険者協議会が必置化され、都道府県医療費適正化計画の実績の評価に関する調査及び分析に関する業務を行うとともに、同計画の期間の終了の日の属する年度の翌年度において、当該計画の実績に関して意見をすることとされた。
　これらに基づき、東京都保険者協議会では、東京都内の医療保険者の加入者に係る健康づくりの推進に当たり、保険者間の問題意識の共有やそれに基づく取組の推進等を図るとともに、東京都保健医療計画や東京都医療費適正化計画の策定又は変更に当たっての意見提出等を行うことを目的として各種会議を開催している。